根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则，以及国家税务总局发布的相关文件，针对自产农产品深加工成非初级农产品后对外销售的进项税抵扣问题，具体规定如下：

1. 政策背景：根据《增值税暂行条例》第十五条，农业生产者销售的自产农产品免征增值税。但若对自产农产品进行深加工，使其不再属于初级农产品（例如，将水果加工成果汁、蔬菜加工成罐头），则销售这些非初级农产品时需缴纳增值税。

1. 进项税抵扣原则：在深加工过程中，如果企业采购了原材料、设备或服务（如包装、运输），并取得合法的增值税专用发票，其进项税额可以抵扣销售非初级农产品产生的销项税额。但需注意，自产初级农产品部分本身不产生进项税，因为其销售环节免税。

1. 相关文件依据：

• 《增值税暂行条例》（国务院令第538号）第十五条：规定自产农产品销售免征增值税。

• 《增值税暂行条例实施细则》（财政部、国家税务总局令第50号）第三十五条：明确农产品的范围，包括初级农产品。

• 国家税务总局公告2017年第19号《关于简并增值税税率有关政策的通知》：简化农产品深加工的增值税政策，明确进项税抵扣方法。

• 财税〔2018〕32号文件：调整增值税税率，涉及农产品深加工业务的税务处理。

1. 操作要点：

• 自产初级农产品销售：免征增值税，无进项税抵扣问题。

• 深加工非初级农产品销售：需按适用税率（如13%）计算销项税额，同时可抵扣深加工过程中外购项目（如辅料、能源）的进项税。但自产农产品成本部分不计算进项税，因为其未缴纳进项税。

• 文件要求：企业需保留相关凭证，如收购发票、加工合同和销售记录，以证明业务真实性。

1. 总结：自产农产品深加工成非初级农产品销售时，进项税抵扣仅限于外购货物或服务的进项税额，而自产部分不涉及抵扣。企业应参照上述文件，确保合规处理税务申报，避免风险。如有具体案例，建议咨询当地税务机关或专业税务顾问。